Historia
El valle del Pisueña es accesible desde el de Toranzo y se asienta al sur de las sierras de Villacimera y Cabarga, parajes que fueron escenario de ocupación humana desde el Paleolítico y más tarde alojaron castros protohistóricos. En época romana la línea de cumbres entre los valles de Toranzo e Iguña fueron escenario de combates entre las poblaciones indígenas y los ejércitos imperiales. Sobre ellas se situó una serie de campamentos que son hoy de importancia a la hora de estudiar las llamadas ‘Guerras Cántabras’.
En la Alta Edad Media se articularon una serie de asentamientos permanentes en el entorno de Villafufre, en un primer periodo vinculados a grandes centros religiosos; así, en el año 1018 consta Villafufre (Villa Erfuci, en un documento conforme al cual entra a formar parte de las propiedades de la abadía de Santillana del Mar), y Santa Eulalia de Sandoñana figura vinculada a la colegiata de Santa Cruz de Castañeda, el monasterio más poderoso de la comarca Pas-Pisueña, si bien el documento en que esto aparece se fecha ya en el año 1438.
Las poblaciones que surgieron en aquellos siglos terminaron conformando una serie de entidades conocidas como concejos, que sobrevivieron durante todo el Antiguo Régimen. En el caso de este municipio constan los antiguos concejos de Villafufre, con los barrios de Rasillo y San Martín, y Vega, con los barrios de Bustillo y La Canal. Los dos estaban integrados en una demarcación territorial más amplia, conocida como Valle de Carriedo, que incluía también a los concejos de Abionzo, Aloños, Bárcena, Escobedo, Llerana, Penilla, Santibáñez, Saro, Selaya, Soto, Tezanillos y Villacarriedo. Los concejos eran administrados por uno o varios regidores asistidos por otros oficiales de menor rango, contando como órgano rector la institución conocida como concejo abierto. En cuanto a la organización del Valle de Carriedo, éste era administrado por un procurador general, dos regidores generales (decano y ordinario), un fiscal y un alcalde de Santa Hermandad. Los cargos se elegían anualmente el 1 de enero en una junta general celebrada en Bárcena.
El valle estaba comprendido a su vez en otra circunscripción más extensa conocida como Merindad de las Asturias de Santillana, que figura en el Becerro de Behetrías (1351) dentro de la Merindad Mayor de Castilla (que también consta como Adelantamiento Mayor de Castilla). La mayor parte de estas tierras, en origen de realengo, terminó vinculada a distintos señoríos laicos en los últimos siglos medievales; en el caso de Carriedo, a la Casa de la Vega, que recibió en 1341, en la persona de Gonzalo Ruiz de la Vega, diversos privilegios de manos de Alfonso XI de Castilla y León, entre ellos las rentas reales y la administración de la justicia. En el Apeo de Pero Alfonso de Escalante, fechado en 1403, en Villafufre y su entorno se confirma la pertenencia de Carriedo a los Vega. Dos décadas después, en 1432, el señorío pasó a engrosar el patrimonio de los Mendoza a través de Íñigo López de Mendoza, tras la muerte de su madre Leonor de la Vega, esposa del almirante Diego Hurtado de Mendoza. En 1439 se promovió un pleito (Pleito Viejo) a raíz de la oposición de los lugareños al nombramiento por parte de Íñigo de Mendoza de sus propios oficiales en el territorio de las Asturias de Santillana. La hegemonía de los Mendoza fue, sin embargo, consolidada en 1445: Íñigo López logró que el rey de Castilla, Juan II, confirmara sus derechos sobre los valles de las Asturias de Santillana y su nombramiento como Marqués de Santillana y Conde de Manzanares (en 1448 quedaron confirmados sus privilegios, que incluían la administración de justicia, el gobierno, la provisión de oficios, la subordinación de órganos municipales y la recepción de los ingresos, impuestos cedidos y rentas señoriales, excepto aquellas que correspondieran al monarca).
En el ejercicio de aquellos derechos se recurrió habitualmente a la violencia, lo cual condujo a que el valle de Carriedo se decidiera a entablar un pleito ante la Real Chancillería de Valladolid, presentando petición y demanda en mayo de 1495 el procurador general Gonzalo de la Concha contra los Mendoza, duques del Infantado. Aquélla se resolvió el 18 de junio de 1499 con el reconocimiento del derecho del valle a poner alcaldes y jueces competentes para conocer pleitos civiles y criminales en primera instancia. El fallo fue confirmado en sentencia definitiva el 1 de junio de 1546. Este proceso fue el punto de partida de otro promovido por los valles de Alfoz de Lloredo, Cabezón, Cabuérniga, Camargo, Cayón, Penagos, Piélagos, Reocín y Villaescusa, que se resolvió en sentencia y en fallo de revisión en 1581, fallándose la reversión a la Corona de los valles. En 1630 estos territorios pasaron a integrar la Provincia de los Nueve Valles, creada por privilegio de Felipe IV. Esta institución fue el germen de la provincia de Cantabria, articulada en 1778-1779 (a esta entidad se unió también Carriedo), que pervivió hasta los primeros años del XIX.
Entretanto, ha de señalarse que a lo largo de la Edad Moderna el valle de Carriedo consta incluido dentro del ámbito competencial de otras instituciones: formaba parte del Corregimiento de las Cuatro Villas de la Costa de la Mar, que comprendía todo el territorio de realengo entre Peñamellera y Ribadedeva y Castro Urdiales, y estuvo adscrito al partido de Trasmiera de la provincia fiscal de Burgos, creada hacia 1500. Con la llegada al poder de los Borbones a comienzos del siglo XVIII, se trató de unificar las funciones de policía, justicia, finanzas y guerra, transformando las provincias en demarcaciones llamadas intendencias (la unificación solo se produjo de forma temporal). Hacia finales de aquella centuria el valle de Carriedo pertenecía al partido de Laredo de la provincia de Burgos.
En los primeros años del siglo XIX estuvo incluido dentro del ámbito competencial de otras instituciones territoriales; así, entre 1801 y 1803, y de nuevo de 1816 a 1833, formó parte de la provincia marítima de Santander, independiente de Burgos en materia fiscal. Entre 1810 y 1813 se integró en la prefectura de Santander, fundada siguiendo el modelo francés introducido por José I. Entre 1822 y 1823 quedó incorporada a la provincia constitucional de Santander y en 1833 se incluyó en la provincia de Santander.
En la Real Orden de 28 de marzo de 1821 se confirmó la división del antiguo valle de Carriedo en los ayuntamientos de Santibáñez, Selaya y Villafufre, integrados en el partido judicial de Ontaneda. Una década después, en el Decreto Orgánico municipal de 23 de julio de 1835, constan Carriedo y Selaya dependientes del partido judicial de Villacarriedo. En el diccionario de Pascual Madoz, editado entre 1845 y 1850, se incluyen los ayuntamientos de Saro, Selaya, Villacarriedo y Villafufre, este último «cabeza del ayuntamiento de su mismo nombre, a que se hallan agregados los pueblos de Escobedo, Penilla, Rasillo y San Martín» (Vega pertenecía entonces a Saro).